南会津地方は、昭和４３年１２月自治省が打ち出した広域市町村圏構想により、昭和４７年７月、南会津郡の３町４村からなる「南会津地方広域市町村圏」として圏域の指定を受け、同年８月に圏域の振興整備を図ることを目的として、「南会津地方広域市町村圏協議会」が設立された。当協議会のもとでは、「南会津地方広域市町村圏計画」策定のための作業が進められ、これと並行して圏域内町村に共通する広域的事務処理計画についても協議検討がなされ、昭和４８年３月に「南会津地方広域市町村圏計画」が策定され消防救急の業務と視聴覚教育に関する業務の共同処理、及び南会津地方広域市町村圏計画の策定及び連絡調整に関する事務等を一括処理する広域行政機構（一部事務組合）の設立がなされるための準備が整えられた。
このことから、圏域町村の合意により、昭和４８年３月３１日をもって当協議会が解散となり、同年４月１日をもって「南会津地方広域市町村圏組合」が設立発足した。
発足後の当組合において、「南会津地方広域市町村圏計画」を引き継ぎ、これの「基本計画」に掲げられた根幹事業が遂次実施に移され、道路交通、消防防災、生活環境、産業、教育文化による共同処理事務等、広域的観点にもとづく圏域振興整備のための各種事業が推進され、相応の成果をあげてきた。
また、当組合事業として、消防庁舎の建設、消防ポンプ自動車・救急自動車の配置充実のほか、視聴覚ライブラリーの整備、救急医療体制の整備や隔離病舎の管理運営の共同処理事務等が実施された。
昭和５５年度には「第２次基本計画」の策定として、国の地方定住構想に基づく「南会津地方新広域市町村圏計画」を策定し、これら計画に基づき職員研修に関する事務及び特別養護老人ホームの整備や道路台帳の作成事務、語学指導等を行う外国青年招致に関する事務を共同処理事務として実施してきた。
平成元年度には、南会津地方ふるさと市町村圏の選定により、南会津地方ふるさと市町村圏計画の策定、当該計画に基づく事業の実施及び連絡調整に関することを共同処理事務とし、平成元年度と平成２年度の２ヶ年で、ふるさと市町村圏基金１０億円を設置した。
また、平成２年度には「第３次基本計画」の策定として、南会津地方ふるさと市町村圏計画を策定し、地域のテーマである「扉を開けよう、開かれた地域へ」を今後１０年間の目標として地域の自然と文化にはぐくまれた個性的で魅力ある南会津圏域を創造し、圏域の情報化、国際化、高齢化、教育、文化・スポーツ及び福祉の向上を図ってきた。
平成７年度と平成８年度には、あいづ拠点都市整備によるソフト事業を全会津２８市町村で実施するための基金３０億円のうち、本圏域構成町村で３３８，１００千円を積み立て平成９年度より各種ソフト事業を実施している。
平成８年４月１日からは、圏域内の第１次医療の補完的な業務及び町村の保健・福祉事業等への支援を図るため地域医療支援センターを開所し運営にあたるとともに、平成１２年４月１日からの介護保険制度実施に伴い、平成１１年１０月より要介護認定の審査判定（二次判定）を実施している。
平成１２年度には、「第四次ふるさと市町村圏計画」を策定し、２１世紀初頭におけるその将来像を「豊かな自然と人々の暮らしが調和する生活・文化のきらめく快適な定住・交流圏」とし、地域に暮らす住民の生活の場としての「快適な定住圏」づくりと、他の地方の住民との交流や観光を目的として南会津を訪れる人々とのふれあいの場としての「うるおいの交流圏」づくりをめざし、広域活動事業を通し広域行政機構として、その役割を果たすべく事業を展開してきた。
平成１８年３月２０日には、南会津郡内のうち、田島町・舘岩村・伊南村・南郷村が合併し、県内第２位の広さ（町村では第１位）を持つ南会津町が誕生した。これにより、組合の構成団体は３町４村から３町1村となった。
平成２１年４月１日には、事務局内に「南会津地方環境衛生検討対策室」を設け、南会津郡内のごみ処理、し尿処理、火葬業務の広域的かつ効率的な処理を目指し検討に着手し、田島下郷町衛生組合と西部環境衛生組合の統合に向けた協議や調整を行い平成２４年４月１日に「南会津地方環境衛生組合」が誕生した。
第四次南会津地方ふるさと市町村圏計画の最終年度である平成２２年度には、これまでの「広域行政圏計画策定要綱」及び「ふるさと市町村圏推進要綱」が廃止されたことに伴い、共同処理事務に係る規約の変更を行い、平成２３年度から「ふるさと市町村圏計画の策定」事務を削除し、今後の広域連携については、地域の実情に応じて関係町村の自主的な協議により取り組みが行われることとした。また、実施中の共同処理事務の取り扱いについて構成町村の協議の結果、既にその役割を「ふくしま自治研修センター」に移している「職員研修」に係る事務を削除し、残る事務については、引き続き広域行政として必要であることを確認し、今後も継続していくこととした。
消防本部・署庁舎は、築４０年以上が経過し老朽化が著しいため、圏域住民の安心・安全を守る観点から、消防庁舎の早期整備と消防組織体制の強化を図るため、平成２４年２月に組織再編を踏まえた新庁舎整備等について「新消防体制基本構想」を策定し、平成２５年４月１日に「新消防体制整備推進室」を設け、調整・協議等を進めることとした。しかし、これまでと状況に変化が表れてきたことから、署所の再編協議を一時休止とし、現在の署所配置での課題解決を図っていくこととした。これにより、同年１０月３１日をもって「新消防体制整備推進室」を休止とした。
平成２８年５月までの消防救急無線デジタル化への移行等に対応するため、更に１１９番通報の集約と出動隊の現場到着時間短縮及び災害情報の一元管理による災害対応力の向上を図るため、平成２６年度から２カ年計画で「消防救急デジタル無線・消防指令システム」整備事業を実施し、平成２８年３月１８日より正式運用を開始した。
消防本部・署庁舎は、築４２年が経過し老朽化が進んでおり、女性職員雇用への対応など、南会津郡の中心防災拠点として早急な庁舎建設が必要であり、更には事務局も築４１年が経過しており、消防本部・署と事務局とが離れており、意思の決定や事務連絡に不便をきたしているため、事務局も含めた庁舎の建設について平成２９年１月に「新消防庁舎建設基本計画」を策定し、消防本部・署及び事務局が一体となった新庁舎建設事業の整備を実施することとした。